Iako neki povjesničari misle da je u Cetinskoj krajini već u 13. st. postojao franjevački samostan, pa da je od prodora Mongola bio razrušen, za to ne postoje konkretni dokazi i nalazi. No, prema pisanim i sačuvanim dokumentima početak dolaska franjevaca u Cetinski kraj i u Sinj započinje u drugoj polovici 14. stoljeća pod okriljem Ivana Nelipića, vrlo moćnog hrvatskog velikaša, cetinskog i humskog kneza. Naime nakon smrti svoga oca vojvode Nelipca II. Cetinskog (1344.), moćnoga gospodara Knina, hrvatsko-ugarski kralj Ludovik I. Anžuvinac (1342.-1382.) da bi uništio moć velikaša i plemića te ojačao svoj položaj u Hrvatskoj, htio je doći u posjed svih gradova što ih je Nelipić držao. Prema konačnom ugovoru s kraljem Ludovikom iz 21. studenoga 1345. kralj je sebi uzeo gradove: Knin, Počitelj, Srb, Ostrog i Unac s njihovim pripadajućim župama, a Ivanu Nelipiću daje svoj kraljevski grad Sinj (castrum nostrum regale Zyn) i važnu potvrdu cetinskog kneštva nad Sinjem. Upravo te 1345. se u povijesti prvi put i spominje ime ”Sinj” (Vsinj), naziv za utvrdu na kamenoj uzvisini, visokoj 438 metara iznad staroga ilirskoga naselja Osini, a ispod tvrđave se nalazila varoš, zvana kao Cetina, Cetin-grad, i tada Sinj zapravo postaje grad cetinskih knezova.
Cetinski knez Ivan Nelipić kao pravi katolik, vjeran crkvi i Bogu, zbog velikih simpatija prema samostanima, redovnicima, posebice franjevcima, uz blagoslov pape Inocenta VI. dobio je (30. travnja 1357.) dopuštenje za gradnju franjevačkog samostana i crkve svete Marije na prostoru koji se zove Kula, na kojem se danas nalazi vojarna HV ”Petar Berislavić”. Pod tadašnjom zaštitom moćnog Nelipića samostan je pripadao Bosanskoj vikariji uz veliki broj franjevaca tako da se ubrzo stvorila Cetinska kustodija čiji se kustos spominje od godine 1372. Kao sjedište velike kustodije polovicom 15 stuljeća pripadali su mu i samostani Cetine pod Sinjem, Vrlike, Knina, Skradina, Visovca, Karina i Klisa.
Kada su Turci 1490. spalili samostan i spomenutu crkvu, papa Inocent VIII je 23. svibnja 1492. uputio pismo poljičkom knezu Žarku Dražojeviću da se obnovi crkva ispod bedema grada Vsinja. Sam Papa potiče sve vjernike da milostinjom pomognu tu crkvu popraviti i uzdržati. Crkva i samostan tada su vjerojatno obnovljeni ali su, kao i cijela Cetinska krajina, i dalje trpjeli udarce osmanskih osvajača dok konačno Sinj nije pao pod njihovu vlast, neki izvori navode 1524. a neki 1536., izdajom nekog Ivana Bilića, te ostao pod Turčinom sljedećih 150 godina. Franjevci su se razbježali. Većim dijelom su se s uskocima sklonili pod Klis, a kad je pao Klis (1537.), u Senj. Prije prvog turskog zauzimanja Sinja/prva polovica 16. stoljeća, franjevci su napustili grad i sa sobom ponijeli brojne arhivske dokumente, spise, dragocjenosti, među kojima je bio i pergamenski Kodeks Biblije iz 14. stoljeća. Odnijeli su ga na Trsat, a danas se nalazi u Madridu. Dok su se drugi sklonili u Ramu u srednju Bosnu.
U vrijeme Morejskog rata (1683.-1699.) kada je Sinj konačno oslobođen od turskog jarma, gonjeni strahom od osmanske odmazde franjevci su odlučili napustiti svoju ramsku župu, te krenuti prema Sinju i oslobođenoj Cetini kamo su i prije povremeno zalazili kao duhovni pastiri. Najmasovnija seoba življa nakon oslobođenja Sinja u rujnu 1686. se dogodila u listopadu 1687. godine pod vodstvom franjevaca – njih 15 – iz Livna, Duvna, Kupresa, Glamoča, Rame i područja niže Mostara, na čelu sa fra Pavlom Vučkovićem, ali i seobe Hercegovaca i Poljičana 1691. godine. Sa sobom su, uz druge predmete, donijeli i sliku Majke od milosti, kako se tada nazivala slika Gospe Sinjske. Nakon kratkog boravka u Dugopolju, smjestili su se početkom 1688. godine u opatiju Sv. Stjepana (Sustipan) u Splitu. Godine 1690. dobili su zemlje u Sinju oko muslimanske mošeje. Godinu dana kasnije, franjevci su se ipak vratili u Sinj i mošeju pretvorili u crkvu Sv. Franje a minaret u zvonik. Međutim, taj položaj nije bio zadovoljavajući i stoga su oni na zemlji ispod tvrđavice Kamičak, koju su dobili 1695. godine već 1699. počeli graditi novu crkvu prema nacrtima Ivana Macanovića Ragužanina. Gradnju je izvodio Andrija Ruspini iz Bergama. Crkva završena tek 1714. godine. Uz središnju lađu imala je četiri pobočne kapele i apsidu. Međutim, osmanska je vojska već 1715. godine zapalila novosagrađenu crkvu.
Kad su osmanski osvajači 1715. godine opljačkali Cetinsku krajinu, uništili tvrđavu Kamičak, opustošili Zagoru do Drniša i Vrlike, vojnička posada se povukla u sinjsku tvrđavu. S njima je bilo nekoliko franjevaca s Gospinom slikom. Napad na tvrđavu počeo je 8. kolovoza, a posljednji juriš bio je 14. kolovoza uoči blagdana Velike Gospe. Međutim, brojem i oružjem neusporedivo nadmoćnija osvajačka vojska neočekivano i neobjašnjivo se povukla. Branitelji i narod bili su uvjereni da je relativno maloj i iscrpljenoj posadi pomogla Majka Božja u predvečerje njezinog blagdana – Uznesenja Marijina (Velika Gospa). Zahvalni vojnici i časnici skupili su između sebe 80 cekina i dali izraditi zlatnu krunu kojom je splitski nadbiskup Stjepan Cupilli okrunio Sliku 22. rujna 1716. godine. Iako su franjevci nastojali da se Slika ponovno postavi u crkvu pod Kamičkom, ipak ona je neko vrijeme ostala u tvrđavi, jer je nisu htjeli dati časnici ni branitelji. Nakon više godina suprotstavljanja, sam je mletački dužd zapovjedio da se Slika preda franjevcima. Tako je Slika prenesena u novu crkvu 1721. godine.
Nakon rata crkva se sporo popravljala, te je pokrivena tek 1723. godine. Godine 1733. napravljen je drveni Gospin oltar na koji je postavljena slika Majke od Milosti, koju su, zahvaljujući brojnim štovateljima i hodočasnicima izvan Sinja i Cetinske krajine, poslije čudesne obrane Sinja 1715. godine, upravo oni počeli nazivati Gospom Sinjskom, a taj je naziv vremenom općeprihvaćen. Slika je navodno naslikana krajem XVI ili početkom XVII stoljeća. Štovala se u Rami i prije dolaska u Sinj. Godine 1758. za Sliku je napravljen srebrni okvir. On je 1766. dobio ukrasne dodatke. Okvir je 1973. godine popravio akademski kipar Ante Jakić.
Godine 1743. podignut je mramorni oltar sv. Ante, a 1750. napravljena su još dva oltara, sv. Josipa i sv. Paškala. Sliku sv. Josipa naslikao je Toma Giazi. Mramorni barokni oltar Gospe Sinjske, kao zavjetni dar cijele Cetinske krajine, završen je 1795. godine. Kad je god. 1803., na spomendan sv. Paulina (22. VI.) grȁd uništio sve usjeve, Sinjani su se utekli svecu i zasijali proso i drugo sjeme tako da nije bilo gladi. Stoga su oltar na dnu crkve posvetili sv. Paulinu. Njegovu je sliku naslikao Nikola Blašković.
28. studenog 1769. godine Sinj je napola porušio potres u kojem je stradala i crkva. Pri obnovi crkve srušene su kapelice sagrađene prema Macanovićevu nacrtu. Nutarnji zid je podijeljen s trima visokim lukovima u kojima su postavljeni oltari. Između stupova su prozori a na pročelju velika ruža. Time je crkva dobila jednostavni oblik koji je uglavnom sačuvala do danas. Crkva je godine 1862. obnovljena. Zidovi su podignuti za nekoliko redova kamenja.
11. rujna 1944. tijekom američkog savezničkog bombardiranja Sinja crkva je pogođena s tri avionske bombe. Potpuno je srušeno pročelje crkve, orgulje i dva oltara, a cijela unutrašnjost je oštećena. Cjelokupni popravak izvršen je 1953. godine. Iz temelja se podiglo pročelje a plafon je privremeno napravljen od dasaka. Godine 1957. nabavljene su nove orgulje tvrtke Franc Jenko iz Ljubljane, a povećane su za nekoliko registara 1962. 1959. godine nabavljena su dva mramorna oltara iz stare samostanske crkve u Makarskoj. Na jednom je stara slika sv. Paulina a na drugom nova sv. Nikole Tavelića akademskog slikara Brune Bulića. Godine 1962. prema nacrtu arhitekta Ante Baraća izrađen je bačvasti krov koji je kasnije oslikao Bruno Bulić. Nabavljen je Križni put akademske kiparice Mile Wood i postavljen u prezbiteriju oko glavnog oltara (1963.). Ista je umjetnica 1964. godine za Svetište izradila sedam gipsanih medaljona koji prikazuju sedam radosti BDM.
Novo obnavljanje crkve počelo je uređenjem sakristije 1967. godine. Namještaj je izrađen prema nacrtima arhitekta Bernarda Bernardija. Godine 1974/75. pod vodstvom istog arhitekta, počelo je uređenje Svetišta. Glavni je oltar zamijenjen novim, jednostavnim oltarom iznad kojeg je sagrađen baldekin. Drveni antipedij tog oltara, na kojem je prikazan narod koji se utječe Gospi Sinjskoj, izradio je akademski kipar Vinko Fabri.
Tijekom tadašnje obnove crkve pronađena je grobnica ispod glavnoga oltara u koju su se ukopavali franjevci u XVIII stoljeću. Otvoren je novi pristup grobnici na dnu hodnika uz sakristiju. Uređena je kao kripta bez posebne namjene. Godine 1986. Josip Botteri Dini zatvorio je tri romaničke arkade redovničkog kora iza glavnog oltara s vitrajima: Navještenja, Uskrsnuća i Gospe žalosne. Iznad arkada izradio je mozaike: borba pod Sinjem i klanjanje Djevici. U godini jubileja (1687.-1987.) postavljena su na crkvi nova brončana vrata (dolazak fratara s Gospinom slikom iz Rame i pobjeda nad Turcima) rad akademskog kipara Stipe Sikirice.
Godine 2001. preuređeno samostansko dvorište. U tom je dvorištu, ispred samostana, 1977. godine postavljen brončani kip sv. Franje, rad akademskog kipara Stanka Vukadina. Kip je 2009. godine premješten na ulaz u crkveno dvorište. Na njegovo mjesto iste je godine postavljen kameni kip Majke od milosti, rad akademskog kipara Josipa Marinovića.
Vjerojatno su ratne okolnosti u kojima je crkva građena i već sljedeće godine zapaljena (1715.), a od tada u više navrata rušena i obnavljana, bile razlogom da nije bila posvećena - barem o mogućoj posveti ne postoji nijedan dokument. Zato je crkva, zajedno s novim oltarom, posvećena tek 21. svibnja 2009. godine. Temeljni kamen za novi zvonik je postavljen tek 19. srpnja 1896. da bi do jeseni 1897. bila sagrađena polovica. Zbog oskudice sredstava rad je bio prekinut, da bi se nastavio posredstvom gvardijana samostana o. Josipa Šimića i bio dovršen 12. rujna 1927. kao „trokatni“ zvonik u neoromaničkom stilu. Visok je 43,5 metara. U srpnju 1927. srušen je stari zvonik. Prigodom proslave 700-godišnjice smrti sv. Franje, splitski je biskup K. Bonefačić blagoslovio nova četiri zvona tvrtke De Poli iz Vittorio Veneta, 25.09. 1927., a zvonik 3.10. iste godine.
2012. godine, prema nacrtu arhitekta Ivana Vučkovića, sagrađen je „klaustar“ na mjestu gdje je bio predviđen nacrtom samostana i crkve ing. Antonia Benonija iz 1702. godine. U tom višenamjenskom prostoru, na desnoj strani prema crkvi, postavljen je brončani reljef Majke od milosti (Gospe Sinjske), rad akademskog kipara Kuzme Kovačića. Zapravo se radi o odljevu reljefa koji je isti umjetnik izradio za franjevačku crkvu u Rami. Reljef je u taj prostor bio postavljen 2007. godine. Izgradnjom klaustra reljef je postavljen u nišu koja je, prema zamisli istog umjetnika, urešena jednim dijelom zavjetnih darova Gospi Sinjskoj. Uz tu nišu postavljeni su stalci za svijeće.
Povodom proslave 200-te obljetnice dolaska naroda, fratara i Gospine slike iz Rame (1687. – 1887.), sagrađena je zavjetna kapela na vrhu sinjske tvrđave iz koje je, uz Gospinu pomoć, obranjen Sinj 1715. godine. Krov, svod i pod kapele obnovljeni su 2006. godine. 2012. djelatnici Restauratorskoga zavoda iz Splita očistili su kameni oltar koji je u više navrata bio obojen. Iste je godine na oltar postavljena replika Gospine slike bez nakita koju je, prema veličini postojećeg okvira sa samog početka 18. stoljeća, izradila Sanja Šustić tehnikom ulja na platnu. Povodom svečanosti otvaranja sedmogodišnje priprave za 300. obljetnicu čudesne obrane Sinja (1715. – 2015.), 2008. godine, uz zavjetnu kapelu na „Gospinu gradu“ postavljen je brončani kip Majke od milosti, rad akademskog kipara Josipa Marinovića.
Od 1996. godine na Gospinu gradu se obavlja pobožnost puta križa. 2001. godine probijena je staza za Križni put. Iste je godine izrađen projekt postavljanja brončanih postaja Križnoga Puta u naravnoj veličini, što je povjereno četrnaestorici umjetnika.
Članovi sinjskog samostana bili su župnici na širokom području od Dinare do Krke. Svojim radom, ispovijedanjem, duhovnim vodstvom, propovijedanjem, franjevci su sinjski samostan i Svetište učinili središtem vjere i milosti. Sav taj rad bio je prožet ljubavlju prema Mariji i širenjem slave i pobožnosti prema Gospi Sinjskoj. U novije vrijeme počeo je i suvremeniji način rada kao tiskanje sličica, slika, vjenčića i molitvenika, te izdavanje glasnika Gospe Sinjske, koji ponovno izlazi od 1974. kao vjesnik Svetišta. Organiziraju se i svečanosti od kojih je osobito bila svečana god. 1887. ili god. 1965. kao i godišnja hodočašća koja se odvijaju u ljetnim danima, osobito oko svetkovine Velike Gospe, uključujući devetnicu. Znak odanosti i pobožnosti vjernika su darovi na samoj slici i reljefu, milodari, posjeti crkvi, te skupna hodočašća koja se u Svetištu pretvaraju u milosnu završnicu primanjem sv. sakramenata. Proslava mnogobrojnog hodočašća na dan Velike Gospe svake godine je sve veća i ostaje vidljivi dokaz vjere našeg naroda. Sinjski je samostan poznat po svojoj gimnaziji koja je otvorena 1854. Franjevci su, naime, morali 1828. prihvatiti reformu školstva, ali tek 1838/39. šk. god. uređen je studij. Tada je određeno da se u Sinju predaje nadopuna gimnazije (licej) – filozofija. Kada je 1848. došlo do nove reforme školstva, u Sinju je 1852/53. šk. god. osnovana niža gimnazija. Od tada su se u Sinju postupno otvarali niži razredi, a 1854. godine Javno više hervatsko gimnazije s hrvatskim nastavnim jezikom. Za gimnaziju je sagrađena zgrada na trgu i uređena dvorana, a kasnije je uređeno sjemenište u zgradi u samostanskom dvorištu. God. 1908. sagrađena je velika zgrada na ulazu u Sinj za sjemenište.
Nakon Drugog svjetskog rata komunistička vlast je oduzela tu zgradu i dva kata novog samostanskog krila. Uza sve to, škola nije prestala djelovati već je nastavila kao Franjevačka srednja škola za spremanje svećenika. Neki su razredi bili u Makarskoj, kasnije u Zagrebu. Godine 1962. sva je srednja škola sjedinjena u Sinju. Kako je veći dio zgrade na trgu nacionaliziran, god. 1966.-67. sagrađena je nova zgrada gimnazije na istoku samostana dok je sjemenište smješteno na trećem katu samostana.
U samostanu je knjižnica s preko 50.000 knjiga, 14 inkunabula, oko 100 fascikla rukopisa, 120 zemljopisnih karata. Samostanski arhiv bogat je materijalom iz redovničke, ali i mjesne prošlosti. Gimnazijski arhiv danas u gimnazijskoj zgradi pod državnom zaštitom.
Godine 1860. stvorena je u samostanu arheološka zbirka s veoma vrijednim antičkim spomenicima među kojima se ističe kip božice Hekate (Dijane) i Heraklova glava. Zbirka je pod državnom zaštitom.
Uz arheološku zbirku u samostanu je i bogata etnografska, numizmatička i paleontološka zbirka zajedničkog naziva Arheološka Zbirka Franjevačkog samostana Sinj. Zbirke Franjevačkog samostana u Sinju, nakon dosta seljenja, od g. 1972. nalaze se u suvremenoj postavi u novosagrađenoj zgradi uz sjeverno krilo samostana.
Žarko Dražojević
Petar Kružić
Fra Pavao Vučković
Sinjska Rera